Trường PTTH Nguyễn Huệ hôm nay tiền thân là Trường Bổ túc Trung học hệ VH-VL Nông trường Đồng Giao. Nhà trường được thành lập ngày 27/12/1980 theo Quyết định số 817/QĐ-UBND của UBND tỉnh Hà Nam Ninh. Ngày đầu thành lập nhà trường chỉ có 3 lớp 8 (lớp 10 bây giờ) với 136 học sinh và 15 các thầy cô giáo, cán bộ công nhân viên. Tháng 8/1983 nhà trường được chuyển sang hệ PTTH trực thuộc thị xã Tam Điệp. Trong xu thế phát triển của thị xã, ngày 20/11/1999 nhà trường được UBND tỉnh Ninh Bình cho phép đổi tên thành trường PTTH Nguyễn Huệ.
Trải qua 30 năm xây dựng và phát triển, từ buổi đầu nhà trường còn rất nhièu khó khăn hạn chế về nhiều mặt, qua từng năm nhà trường đã khẳng định được thương hiệu và vị thế nhà trường; chất lượng giáo dục đào tạo toàn diện là phương châm chỉ đạo của nhà trường, học sinh nhà trường được hoà đồng trong môi trường giáo dục lành mạnh mô phạm , các em luôn có cơ hội tự khẳng định mình. Nhà trường luôn quan tâm giáo dục đạo đức cho các em, hình thành nhân cách và thế giới quan phù hợp với xu thế hội nhập khu vực và quốc tế.
Tỷ lệ đạo đức xếp loại Tốt - Khá bình quân qua các năm đạt 97% trở lên, không có học sinh vi phạm các tai tệ nạn xã hội nghiêm trọng. Chất lượng giáo dục đại trà và mũi nhọn luôn ổn định và tăng trưởng nhanh, học sinh lên lớp thẳng bình quân qua các năm đạt 95,7%, trong đó học sinh xếp loại khá giỏi luôn đạt trên 60%, đặc biệt tỷ lệ tốt nghiệp liên tục đạt 100% dẫn đầu trong tỉnh Ninh Bình.
Học sinh thi đỗ Đại học, cao đẳng những năm đầu thành lập chỉ là 5,7% dần từng năm đã đạt trên 60% (đặc biệt các năm 2008 đạt 64,75%, năm 2009 đạt 74,73% vào tốp 100 trường THPT có kết quả thi Đại học cao nhất trong toàn quốc).
Thành tích học sinh giỏi tỉnh và quốc gia là niềm tự hào của các thế hệ thầy và trò nhà trường. Nhà trường luôn được Sở GD-ĐT Ninh Bình tặng cờ là đơn vị có nhiều thành tích bồi dưỡng học sinh giỏi tỉnh và quốc gia. Qua 30 năm xây dựng và phát triển nhà trường đã có 740 giải học sinh giỏi tỉnh và quốc gia, trong đó có 15 giải học sinh giỏi quốc gia và 725 giải cấp tỉnh (134 giải nhất, 184 nhì, 211 ba, 196 khuyến khích) Vinh dự và tự hào về thành tích đã đạt được nhà trường là đơn vị được công nhận đạt chuẩn quốc gia bậc THPT đầu tiên của tỉnh Ninh Bình và hơn cả đã được đón nhận những phần thưởng cao quý của Đảng và Nhà nước trao tặng:
Năm 1996 được tặng thưởng Huân chương lao động hạng ba
Năm 2004 được tặng thưởng Huân chương lao động hạng hai
Năm 2006 được tặng thưởng Huân chương lao động hạng nhất
Năm 2003 được trao cờ thi đua của Bộ GD-ĐT
Năm 2004 được trao cờ thi đua của Chính phủ
Năm 2004 được tặng bằng khen của Thủ tướng chính phủ về thành tích 10 năm thực hiện cuộc vận động “Dân chủ - Kỷ cương - Tinh thần và Trách nhiệm”; Chi bộ Đảng liên tục được công nhận tổ chức cơ sở đảng trong sạch vững mạnh, được tặng nhiều giấy khen của Thị uỷ Tam Điệp (đặc biệt năm 2009 được Tỉnh uỷ Ninh Bình tặng Bằng khen thành tích Chi bộ trong sạch vững mạnh tiêu biểu giai đoạn 2005-2009)
Các tổ chức công đoàn và Đoàn thanh niên cộng sản Hồ Chí Minh cũng đạt được nhiều thành tích và ghi nhận bằng những phần thưởng.